Ногайцы в осн. своей массе мусульмане-сунниты (см. Суннизм) ханафитского толка. Ислам стал проникать на территорию проживания предков ногайцев кочевых племен, видимо, с 10–11 вв. Массовая их исламизация началась в Золотой Орде с офиц. введением мусульманства ханом Узбеком в 1312. Ко времени этнической консолидации (15 в.) среди ногайцев уже довольно прочно утвердился ислам, крый оказал огромное влияние на их духовную культуру. В то же время под оболочкой исламских представлений сохранялось и наследие языческих времен. Так, синонимом слова «Аллах» стало название древнего тюркского верховного бога — Тангыр. До наших дней дожили представления о духах-хозяевах разных стихий: земли, воды, ветра и т. д. Ислам принес образ духа джинна. На вере в этих духов основана лечебная практика мулл, а также знахарей. В то же время из верований ногайцев вымываются и уходят в сферу фольклора древние местные представления о существовании демона албаслы, дракона аздаа, духов Сазаган, Елмавыз, пари, обыр и т. д.
Огромный урон религ. жизни ногайцев нанесли годы советской власти. В течение 20—30-х гг. были разрушены все мечети, репрессировано большинство мулл, кадиев (шариатских судей), эфенди (людей с высшим религ. образованием). Уцелевшие были вынуждены свернуть свою деятельность. К нач. 90-х гг. на территории Ногайской степи осталось не более 2–3 мулл, знакомых с арабописьменной лит-рой. Лишь небольшое число людей из старшего поколения совершали намаз (мусульманскую пятикратную молитву). Из-за отсутствия мечетей намаз совершался сугубо индивидуально, а религ. обучение, даже в домашних условиях, было сведено на нет. В то же время ногайцы старались соблюдать внешние признаки принадлежности к исламу (неупотребление свинины, обрезание и т. д.). В последние годы на территории проживания ногайцев религ. жизнь оживилась. Строятся мечети, отправляются релит, обряды. Празднуется мавлид день рождения Пророка, широко отмечаются два гл. мусульманских праздника Ураза-байрам и Курбан-байрам. При мечетях открываются мектебы (их число не превышает 10), в к-рых учатся желающие получить первоначальные знания об исламе.
Степные ногайцы сегодня почти со всех сторон окружены шафиитским населением, что не проходит бесследно. В местах особенно тесного соседства (Бабаюртовский р-н Дагестана, Шелковской р-н Чечни) нек-рая часть ногайского населения приняла шафиитский толк. В то же время духовные авторитеты, воспринимая ханафитский толк как неотъемлемую часть этнического облика ногайцев, активно противодействуют проникновению шафиизма в молодежную среду. Сегодня муллам приходится вести борьбу и с идеями ваххабизма, к-рые также в последние 5–6 лет проникают с территории Дагестана и Чечни. Наибольшее распространение среди ногайцев, особенно молодежи, ваххабизм получил на территории Шелковского р-на Чечни. Угроза потери конфес. составляющей этнического самосознания вынуждает ногайцев искать пути выхода из создавшейся ситуации. Духовные лица предлагают создать кадият Ногайской степи по примеру существовавшего в 19 т нач. 20 в. Ногайского кадията. Съезд мусульман Ногайской степи в 1990 избрал Кадием Ногайской степи имама Кожаева Я. А., но кадият тогда создан не был. Кубанские и ставропольские ногайцы подчинены Духовному управлению мусульман Карачаево-Черкесии и Ставрополья.