Проникновение ислама на обширные сибирские земли заняло длительный период времени с кон. 14 до перв. пол. 19 в. Первоначально оно шло по двум каналам: от бухарских проповедников из ордена накшбандия и от мусульманского духовенства Казанского ханства. Уже в период правления Кучума в Сибирском ханстве значительная часть местных тюркоязычных племен восприняла ислам, хотя для большей части населения традиционной религией оставался шаманизм. Вместе с исламом в Сибирь пришла мусульманская культура и нравственность, стали создаваться начальные мусульманские школы (мектебы), а позднее и средние учебные заведения (медресе), в к-рых преподавались не только ре лиг., но и светские дисциплины: математика, география, история, лит-pa и нек-рые др. общеобразовательные предметы. В кон. 19 нач. 20 в. в этих учебных заведениях были открыты женские отделения. Обучавшиеся в них девушки получали основательные знания по истории ислама, правилам чтения Корана, хадисов и др., а также по общеобразовательным предметам. К нач. 20 в. грамотность среди мусульман была значительно выше, чем среди окружающего населения, не исключая и православных. Ислам сыграл существенную роль в консолидации этнических общностей сибирских татар и северных казахов, способствовал сохранению их этнокультурной самобытности, противодействовал ассимиляции этих народов.
Создание царской администрацией в Сибири крупных военных крепостей сочеталось нередко со строительством и мечетей за казенный счет. Жалованье служителям таких мечетей также выплачивалось гос-вом. Делалось это властями для привлечения мусульман на свою сторону. Немало мусульман было в Сибирском казачьем войске. В осн. это были казанские татары. Им разрешалось исповедовать свою религию и избирать имамов из своей среды. Утверждались служители религии в своей должности лишь после прохождения испытания в Оренбургском мусульманском духовном собрании. Казаки, утвержденные в кач-ве духовных лиц, освобождались от военной службы. К 1900 войсковым населением Сибирского казачьего войска содержалось 4 мечети и 2 мусульманских молитвенных дома. В Тюменской обл. в нач. 20 в. функционировало 167 мечетей и 63 медресе.
После Октябрьской революции, особенно в годы коллективизации сельского хозяйства, по позициям ислама в Сибири был нанесен сокрушительный удар. Каменные мечети в Омске, Томске, Таре и др. городах были разрушены, сотни деревянных мечетей были снесены. Хранившиеся в мечетях религ. и светские книги, напечатанные арабским шрифтом, ценные старинные рукописи, метрические записи, к-рые велись имамами в течение десятилетий, были уничтожены; служители религии были репрессированы. В годы Великой Отечественной войны 1941–1945 гг. в нек-рых населенных пунктах было разрешено открыть мечети. Этот процесс продолжался в послевоенный период. Богослужения проходили в приспособленных помещениях. Процесс религ. возрождения, начавшийся в стране в конце «перестройки», не обошел стороной Сибирь. В городах и селах стали открываться мечети. При мн. из них уже функционируют духовные школы, где взрослые и дети изучают основы ислама и арабский язык, учатся искусству правильного чтения Корана. Мусульманские религ. объединения развернули широкую благотворительную деятельность, организуют сбор средств для строительства больших каменных мечетей. Фундаменты таких мечетей с медресе и гостиницами для иногородних учащихся заложены в Новосибирске, Омске и др. областных центрах Сибири. Для руководства деятельностью мечетей создано Духовное управление мусульман Сибири. В 1994 мусульмане России широко отметили 600-летие ислама в Сибири. В Омске состоялась международная научная конференция «Исламская цивилизация в преддверии XXI века (к 600-летию ислама в Сибири)», в работе к-рой приняли участие ок. 500 представителей мусульманских, христ., иудейских религ. орг-ций, ученых, общественных деятелей, членов национально-культурных объединений из России, Казахстана, Таджикистана, Узбекистана, Германии. В документах конференции обращалось внимание всех российских органов власти и всей российской общественности на важность понимания большого значения фактора исламской цивилизации в Сибири в прошлом и настоящем, его положительной роли в развитии культуры, сближении народов. На конференции были разработаны рекомендации по дальнейшему возрождению ислама в Сибири, развитию религиоведческих исследований, усилению сотрудничества людей разных вероисповеданий и национальностей.