В Новое время заявила о себе новая форма теоретической деятельности—наука, т. е. деятельность, цель которой— не обыденно-эмпирическое, но собственно теоретическое знание об инвариантах природных процессов, а непосредственный предмет — способы, средства и формы определения и меры этих инвариантов: механика, астрономия, начала химии, медицины и др. Пытливые умы просвещенных монахов, алхимиков, магов и профессоров-богословов средневековых университетов подготовили ряд глубоких теоретических гипотез о свойствах веществ и сил природы, проявляющих себя с убедительным постоянством при закономерно повторяющихся взаимодействиях природных явлений. Но т. к. их мышление было теоретическим, то они сформулировали и целый ряд рефлексивно теоретических (философских, методологических и логических) фундаментальных проблем, не случайно совпавших с проблемами научного познания. Так, реалисты и номиналисты, обсуждавшие контроверзы проблемы бытия универсалий (всеобщего в имени и в реальном бытии), оставили в наследство тем, кто задумывался в 17—18 вв. о путях, способах и средствах научного познания, проблему соотношения в познании истин теоретического мышления (разума) и чувственного опыта с веществами и силами природы. Теперь уже нельзя было уйти от проблемы способа (метода) получения истинных знаний. И, решая ее, эмпирики, и рационалисты продолжили диалог реалистов и номиналистов, правда, при радикально ином типе общественного осознания исторической реальности бытия.
Непреложные истины Священного Писания и тексты отцов церкви (как и тексты Аристотеля, Фомы Аквинского, Августина Блаженного, Николая Кузанского и других богословских авторитетов), еще недавно бывшие единственным предметным полем приложения теоретической мысли, ищущей истинного пути к божественному откровению, получили в Новое время весьма активного соперника—не менее непреложные общие знания о пространстве и времени природных процессов. Постижение хронотопов природных процессов осуществлялось теперь в иной реальности, «предварительная» и интенсивная разработка которой началась уже иным, не дедуктивным методом еще в 14—15 вв. теми же астрологами, магами и особенно алхимиками.
Более чем на три столетия индуктивный метод, торжествуя победу над Аристотелевой дедукцией, предопределил эмпиристскую парадигму понимания пути теоретического мышления, познающего мир вещей. Утвердилась в сознании естествоиспытателей и следовавших за ними философов убежденность в том, что начало знания — в чувственно опытном освоении частных проявлений мировых закономерностей и дело разума (теоретического мышления) в опыте повторяющееся обобщить до одного общего имени как существенного признака реальных универсалийвидов, родов, отрядов и классов. Когда же удавалось математически точно установить неизбежность вечного повторения одних и тех же сил взаимозависимости природных частностей, то тут уже один шаг отделял это открытие от превращения его в принцип продуктивного действия безликих механических систем машин с подключением к ним и однообразных действий человека, превращавшегося тем самым в ее живой «придаток». Для механизма действия в ней природных сил человек становился внешней, но столь же природно-механически действующей, причиной их «запуска».
Таким же внешним механизму машин стала творческая сила воображения ученого, живописца, поэта, музыканта. И сам творящий дух человеческой души оказался вне мира телесного, механического. Единство мира утратилось— мир механически распался на противоположности: идеального (души) и материального (тела), духа и природы. Диалог между теоретиками той и другой противоположности стал безнадежно непродуктивным. Р. Декарт первым признал этот факт, отведя в качестве несовместимых оснований каждой из них особую субстанцию. Но никому из философов не давало покоя абсолютизированное механицизмом противопоставление в самом бытии его тела и духа (вместе с ним и разума человека, способного лишь в формах всеобщего осознать себя и мир), а, следовательно, разума и чувственного опыта, имеющего дело лишь с особенным, единичным, преходящим. Теоретическое сознание Декарта, картезианцев и окказионалистов могло обмануть себя и помириться (в разных вариантах оно временно мирилось) с необъяснимым на таком основании фактом органичной взаимосвязи души и тела, разума и чувства, жизнедеятельности каждого человека. Но исходная сущность теории как «диалога мыслящих» упорно требовала поиска реальных онтологических предпосылок генезисного единства этих, казалось бы, принципиально несовместимых противоположностей. И хотя постдекартовская история этого поиска (до Канта включительно) не покидала почвы картезианского дуализма, нашедшего логическое воплощение и завершение в антиномиях чистого разума Канта, философская мысль, бросаясь из крайности чистого спиритуализма в крайность вульгарного материализма, оставалась внутренне диалогичной, в постоянных обострениях противостояния эмпиризма и рационализма, рациональности и иррациональности ищущей их единого начала (их рода), снимающего односторонность каждого полюса, ищущей тем самым своей исходной и родной формыдиалектики.