Кон. 80-х и нач. 90-х гг. были эпохой коренных преобразований в СССР. В этот период наблюдался процесс демократизации внутренней политики изменения со стороны советского гос-ва по отношению к религии и верующим, в результате к-рого впервые после революции 1917 стало возможным участие священнослужителей в работе высших органов представительной власти.
В 1989 происходят выборы народных депутатов СССР. Высший орган законодательной власти СССР был сформирован как путем непосредственного волеизъявления граждан, так и за счет квот, установленных для общественных орг-ций. В его состав вошли и священнослужители. Непосредственно избирателями были избраны правосл. священнослужитель П. Боборуз (Молдавская ССР), Мухаммад-Юсуф — председатель Президиума Духовного управления мусульман Средней Азии и Казахстана (Узбекская ССР), Палджян В.А. верховный патриарх, католикос всех армян Вазген I (Армянская ССР), Паша-Заде А.Г. председатель Духовного управления мусульман Закавказья (Нахичеванская АССР). От общественных орг-ций были избраны: Патриарх Московский и всея Руси Пимен, митрополит Ленинградский и Ладожский Алексий (нынешний Патриарх Алексий II), митрополит Волоколамский и Юрьевский Питирим. Однако следует отметить, что съезд народных депутатов СССР и Верховный Совет СССР находились под сильным влиянием КПСС, т. к. значительная часть депутатов была квотирована КПСС. В связи с этим фактором и стремительной тенденцией к политич. самостоятельности, нараставшей в РСФСР, большие надежды об-во возлагало на избрание в нач. 1990 путем только прямого голосования населения народных депутатов РСФСР. В результате были избраны священники РПЦ Полосин В. С., Злобин А. А., епископ Ярославский Платон (Удовенко В. М.), известный диссидент, также восстановленный в служении, священник РПЦ Якунин Г. П., от буддистов был избран Цыбикжапов Э. Д.
В июле 1990 приступил к работе Комитет Верховного Совета РСФСР по свободе совести, вероисповеданию, милосердию и благотворительности. Председателем Комитета был избран В.С. Полосин, его заместителями стали Г.П. Якунин, Э.Д. Цыбикжапов. Секретарем Комитета был избран А.А. Злобин.
Это был первый специализированный Комитет по вопросам религии, руководство крого находилось под контролем депутатов-священнослужителей. И уже 25 окт. 1990 был принят Закон РСФСР «О свободе вероисповеданий».
Значительными сторонами деятельности Комитета было содействие в передаче храмов верующим и работа над пакетом законов о налогах, в результате чего религиозные орг-ции были освобождены от налогов, к-рые предлагалось брать с религиозных объединений наравне с коммерческими орг-циями.
В Комитете была сосредоточена работа и над законом об общественных объединениях, т. к. он должен был коснуться и ряда религиозных объединений, занимающихся благотворительной и соц. деятельностью, и над законом о благотворительной деятельности.
Следует упомянуть и работу Г.П. Якунина в парламентской Комиссии по расследованиям причин и обстоятельств ГКЧП, к-рая получила доступ к архивам КГБ СССР. В результате работы Комиссии были опубликованы материалы о сотрудничестве иерархии РПЦ со спецслужбами. Под влиянием этих материалов Комитет по свободе совести внес существенные поправки в закон об оперативно-розыскной деятельности, запрещавшие привлекать в кач-ве агентов для оперативно-розыскных мероприятий народных депутатов и священнослужителей.
В нач. 1993 возникла необходимость внести поправки в Закон РСФСР «О свободе вероисповеданий», т. к. он был принят для республики в составе СССР и в нем не регулируются нормы, входившие тогда в компетенцию Союза: отношение к военной службе, регистрации иностранных религиозных орг-ций и миссий. После распада СССР образовался правовой вакуум. Нормы, регулировавшие правовые отношения, соц. права верующих, существенно устарели. 14 июля 1993 в первом чтении были приняты поправки к Закону 1990, в к-рых была запрещена миссионерская деятельность для иностранных граждан. Однако Президент России Б.Н. Ельцин отклонил законопроект.
После октябрьских событий РПЦ запретила своим священнослужителям выдвигаться в депутаты. Вопреки запрету РПЦГ. П. Якунин баллотировался по спискам «Демократической России», был избран в состав I Государственной Думы и работал в составе Комитета по общественным и религиозным орг-циям, к-рый возглавлял представитель КПРФВ. И. Зоркальцев.
I Государственная Дума за 2 года своей работы так и не смогла принять поправки к Закону 1990.
В результате декабрьских выборов 1995 в составе II Государственной Думы не оказалось представителей ни одного религиозного культа.