Во время образования в XIII в. Монгольской империи в неё вошли государства, народы которых исповедовали буддизм — китайцы, кидани, тангуты, уйгуры и тибетцы. При дворах монгольских ханов обязательно находились буддийские учители, соперничавшие с шаманами, мусульманами, христианами и конфуцианцами
в стремлении влиять на правителей. Победили буддисты, и теперь таковыми являются все монголы, включившие в состав «своего» буддизма (часто называемого по-старинке «ламаизм») большинство автохтонных шаманских верований и культов. Раньше других к буддизму обратилась та часть монголов, которая была у власти в Китае до 1368 г. В течение века правления династии Юань у «китайских» монголов, особенно близких ко двору, отмечалась эволюция религиозных предпочтений от Махаяны к ваджраянским культам женского начала и соответствующих ему практик мистико-эротического свойства. Основатель этой династии Хубилай в 70-х гг. XIII в. даже пытался объявить буддизм религией монголов, а настоятеля монастыря тибетской школы сакья Лодой-гьялцена (1235–1280), известного как Пагбалама — главой буддистов Тибета, Монголии и Китая. Западные монголы (ойраты) тоже поддерживали буддистов Центральной Азии и Тибета. Авторитетом в ханских ставках в XIII–XV вв. пользовались учители тибетских школ сакья и кагью. Известны даже отдельные случаи пострижения монголов в монахи. Массовое и повсеместное принятие монголами буддизма случилось в XVI в., чему активно содействовали тибетские представители школы гелук, верными которой до сих пор остаются монгольские народы. Официально принятие датируют 1576 г. (или 1578), когда могущественный монгольский правитель Алтан-хан, завоевав Тибет, созвал большой съезд родов и племён Внутренней и Внешней Монголии. На него пригласили и главного ламу школы гелук Сонама Гьяцо (1543–1588). Здесь его объявили Далай-ламой III, вручили золотую печать — знак признания в качестве верховного духовного и светского правителя Тибета. Тогда же буддизм школы гелук провозгласили государственной религией всех монголов. В 1589 г. внука Алтан-хана объявили воплощением умершего Далай-ламы, т.е. Далай-ламой IV (1589–1616) — духовным главой буддистов Монголии и Тибета. Первый монастырь возвели в монгольских степях уже в 1586 г. В XVII–XVIII вв. тибетский буддизм приобретал в Монголии новые черты. Ойратский учёный Зая-пандит Намкай Джамцо (1599–1662) и др. переводили с тибетского на монгольский язык сутры; Джебцзун-дамбахутухта (1635–1723) с последователями создавали новые формы обрядности, подходящие для кочевого образа жизни монголов и согласующиеся с местными шаманскими верованиями. В 1691 г. Джебцзун-хутухта был провозглашён духовным главой, воплощенцем (выбираемым в Тибете) — Богдо-гэгэном восточных монголов, которые оказались в вассальной зависимости от маньчжурской династии Цин. В 1635 г. западные монголы образовали сильное Джунгарское ханство, простиравшееся от степного Алтая до Тибета, которое просуществовало до 1758 г. Духовным главой ханства признавался Далай-лама. Перевод на монгольский язык Кангьюра был завершён и отпечатан в 1720 г., а Тенгьюра — в 1749 г. В начале ХХ в. в малонаселённой Монголии было 747 монастырей, храмов и около 100 тыс. монахов. Во Внутренней же Монголии, входящей в состав Китая, насчитывалось 1200 монастырей и храмов. Кроме того, в монгольских монастырях 243 ламы являлись живыми воплощениями — хубилганами. При коммунистах почти все храмы Монголии закрылись, монахи были разогнаны. Только в последние десятилетия началось возрождение буддизма, открылась Высшая школа лам, а к единственному действовавшему и в прежние годы монастырю добавились восстановленные из руин. Кроме того, сегодня десятки монгольских юношей обучаются в индо-тибетских учебных заведениях буддизма.