Использование бактерий и других микроорганизмов для удаления опасных отходов и выбросов в почве или воде. Бактерии, которые питаются нефтью, были использованы для очистки побережья Аляски после аварии танкера «Экссон-Валдиз». Пример ликвидации последствий аварии в 1990 г. на судне «Мега-Борг» в Мексиканском заливе был первым, когда бактерии, выращенные в лаборатории, применялись для удаления нефтяного пятна в открытом море. Бактерии уничтожают парафиновые и другие пробки, препятствующие добыче нефти. Существуют бактерии, которые с успехом используют в кафе и ресторанах для удаления жировых остатков, вызывающих неприятные запахи. В настоящее время исследователи заняты созданием видов бактерий, которые питались бы металлами, неорганическими химикатами и соединениями, содержащими хлор.
Бактерии много лет использовались для очистки в коммунальных хозяйствах. Промышленные предприятия и заводы по переработке пищевой продукции также применяют биологическую очистку с целью уменьшения количества органических загрязняющих веществ, сбрасываемых в реки и канализационную систему.