Идея атома как элементарной частички мироздания (санскр. ану, параману—«тончайший», «мельчайший») принималась самыми различными школами индийской мысли — как ортодоксальными (ньяя, вайшешика, миманса, санкхья, двайтаведанта Мадхвы), так и неортодоксальными (джайнизм, буддизм, адлсивика). Атомистическая концепция джайнизма представляется наиболее архаичной: параману еще не разделены на классы, соответствующие классам стихий (как в других индийских школах), каждый из них содержит в непроявленном виде характерные качества всех элементов, которые проявляются при создании материальных агрегатов-сканих. В отличие от древнегреческого атомизма, главным свойством параману выступает не столько неделимость, сколько тонкость, которая настолько велика, что он лишен непроницаемости, которую приписывали атомам большинство других индийских школ. Согласно джайнскому философу Умасвати, в одной точке пространства может оказаться сколь угодно большое число параману, подобно тому как в одном фокусе может пересечься сколь угодно большое количество световых лучей. С этим же сверхтонким состоянием связана и способность параману пересекать вселенную вдоль и поперек за одно мгновение.
Буддийские школы вайбхашики и саутрантики, взгляды которых изложены Васубандху в «Абхчдхармакоше», подчеркивают мгновенность и изменчивый характер атомов. Не проводя различия между свойством и его носителем, они рассматривают в качестве самостоятельных атомов и сами элементы (бхуты), и производные от них чувственные качества (запах, вкус и т. п.), а также вторичные элементы (бхаугика) и даже органы чувств. Вайбхашика насчитывает, напр., 14 видов атомов. Однако они не образуют ни диад и триад (как в вайшешике), ни «молекул» (как в джайнизме и адживике), а только кратные 7 совокупности — скандхи.
Наиболее известная атомистическая доктрина была разработана в вайшешике. В «Вайшешика-сутрах» появляется идея атома (ану, параману) как предельно малой частички, имеющей сферическую форму (паримандалья), вечной и неизменяемой (в отличие от буддизма) первопричины вещей, субстрата постоянных качеств (в отличие от джайнизма), минимальной величины и носителя «конечных различителей» (антья вишеша, см. Вчшеша). Поскольку атомы, согласно вайшешике,—это минимум вещества элементов, им всегда присущи основные качества последних: атомам земли—запах, вкус, цвет, температура; атомам воды—вкус, цвет, температура; атомам огня— цвет, температура, атомам воздуха—только температура. Атомистическую форму имеет в вайшешике и .менеевнутренний психический орган, координирующий деятельность органов чувств. Главной онтологической трудностью для атомизма вайшешиков было объяснение того, каким образом вечные и невоспринимаемые атомы образуют невечные и воспринимаемые объекты. Если, как утверждают «Вайшешика-сутры», качества причины переходят к качествам следствия, то вечность и невоспринимаемость атомов при творении мира тоже должна переходить к вещам, но это не так, поскольку вещи и невечны и воспринимаемы. Значит, мир не мог быть создан непосредственно из атомов. Отсюда разные ухищрения Прашастапады— главного систематизатора вайшешики, пытающегося ввести «промежуточные» атомные соединения, которые, не обладая вечностью отдельных атомов, могли бы тем не менее послужить причинами вещей. Так, образование минимального атомного соединения—диады—обязано, по Прашастападе, не сложению величин отдельных атомов (атомы не имеют протяжения), а числу два, которое, возникнув в интеллекте бога Ишвары в период творения мира, способствует соединению двух атомов, создавая тем самым невечные диады. Те в свою очередь соединяются в триады, и только триады, являющиеся не только невечными, но и воспринимаемыми (они уподобляются пылинкам в солнечном луче), служат материальной причиной макрообъектов. Т. о., минимальными строительными блоками, из которых вайшешики конструируют свою вселенную, оказываются не атомы, а триады, состоящие из трех диад и, стало быть, из шести атомов.
Основные аргументы индийских оппонентов атомизма вайшешики—буддистов—направлены против положения о неделимости атомов; если атом — протяженное тело, расположенное в пространстве и соединенное с другими атомами, то он не может быть неделимым, если же он — не протяженное тело, то соединение сколь угодно большого числа атомов не будет превосходить размера точки. Каково взаимоотношение атомов и акаши (пространства, эфира), проникает ли оно в атомы изнутри? Если проникает, то у атомов есть внутренняя и наружная части и, т. о., они не являются неделимыми. Логическое обоснование неделимости атома дает ньяя: если вещи делятся на части до бесконечности, то любые две величины можно приравнять друг другу (напр., горчичное зерно и гору), что абсурдно; если же деление приводит к нулю, то все вещи состоят из «ничто», что тоже абсурдно. Поэтому пределом деления вещей должно быть «нечто», чем и является неделимый атом. В отличие от Демокрита, который с помощью атомов пытался объяснить реальность изменения, вайшешики и найяики искали в предельных составляющих разрешение проблемы части и целого (аваявин). Атомизм вайшешики был воспринят Не только ньяей, но и мимансой и даже ведантийской школой Мадхвы.