Крушение рабовладельч. строя и замена его феодальным были связаны с глубоким духовным кризисом общества и ростом влияния религии и церкви. Религия стала господств. идеологией ср.-век. феод. общества; духовенство и церковь превратились в крупных феод. собственников и во мн. странах сосредоточили в своих руках не только духовную, но и полит. власть. Наука, культура, прогрессивная мысль и всякое проявление оппозиции но отношению к господств. религ. идеологии и церкви в тех условиях просекались самым жесточайшим образом. Атеизм и прогрессивная мысль в период средневековья уже не могли выступать открыто. В качестве одной из форм борьбы за освобождение научной мысли от религ. опеки стала использоваться теория «двойств. истины», выдвигавшая идею о самостоят. и «равноправном» значении научных истин и религ. взглядов (см. Познания теория). Сторонниками этой теории являлись, в частности, выдающиеся мыслители ср. веков - тадж. ученый Авиценна и арабский ученый Аверроэс (1126—1198). Эти мыслители относились скептически к религии, отвергали учения о «сотворении мира», «чудесах» и «божеств, откровении», утверждали, что материальный мир существует вечно. Однако в их учении материалистич. тенденции сочетались с идеалистическими. Они по отрицали существования бога. Видное место среди мыслителей той эпохи, выступавших с критикой религии, занимал азерб. философ и поэт Низами Ганджеви (ок. 1141—1203). В поэме «Искандер-намэ» поэт критиковал осн. догмы ислама и обосновывал права разума па познание мира. Др. мыслитель этой эпохи, груз, поэт Шота Руставели (XIТ в.) в своей поэме «Витязь в тигровой шкуре» развивал материалистич. и атеистич. идеи о вечности и несотворении Вселенной, об объективных закономерных связях явлений, о познаваемости мира. Материалистич. и атеистич. мотивы имеются в замочат, памятнике передовой обществ, мысли Армении, нар. эпосе «Давид Сасунский» (X в.). Ярким представителем свободомыслия в России был Феодосии Косой (XVI в.).
В ср.-век. Зап. Европе, где господствовала католич. церковь, философия была низведена до положения служанки богословия (см. Схоластика), церковь ставила перед ней задачу обоснования религ. догм и оправдания феод. порядков. Наука извращалась в угоду религии. Однако это не останавливало развития атеистич. мысли. Против духовной диктатуры церкви и религии, несмотря на жестокие преследования, выступали мн. мыслители и ученые. К ним относился англ. ученый, монах-францисканец, Р. Бэкон (1214—1294), выступивший против схоластич. философии, в защиту опытных знаний. В ту эпоху большую роль в борьбе против безраздельного господства религии и церкви сыграли массовые пар. т. п. еретич. и антиклерик. движения (см. Ереси). К ним относятся движения павликиан (см. Павликианство) в странах М. Азии, стригольников в России, лоллардов в Англии, таборитов в Чехии и др. Эти движения подрывали устои церкви и религии.
Серьёзную роль в развитии атеизма сыграла распространявшаяся уже с XIII в. в прогрессивных кругах общества идея о «трех обманщиках» - мифич. основателях трех «мировых религий» Моисее, Христе и Мухаммеде. В дальнейшем эта идея получила свое развитие и обоснование в известном анонимном трактате «О трех обманщиках». Начиная с XV—XVI вв., в результате развития производит, сил и формирования новых классов, связанных с зарождением капиталистич. производства, происходил процесс постеп. освобождения прогрессивной мысли от духовного гнета «церкви. Более открытыми становились выступления против религии. Наступил новый этап в истории атеизма (см. Атеизм буржуазный).