Руководство учебными заведениями Русской Православной церкви осуществляется Синодом через Учебный комитет.
К 1994 РПЦ имела три духовных академии: Московскую, Петербургскую и Одесскую. После Архиерейского собора 1994 продолжалось увеличение числа духовных школ. В 1996 учреждена Белорусская духовная академия, в 1997 было положено начало Молдавской духовной академии, преобразованной из богословского факультета Кишиневского ун-та. Ведущими богословскими школами РПЦ с послевоенного времени остаются Московская и Санкт-Петербургская (до 1992 Ленинградская) духовные академии, в к-рых сосредоточены лучшие преподавательские силы.
В нач. 1999 в РПЦ было также 5 духовных академий, 26 духовных семинарий, 29 духовных училищ, 1 правосл. ин-т, 2 правосл. ун-та и 13 подготовительных пастырских курсов. Ко времени Архиерейского собора 1994 кол-во всех студентов и воспитанников духовных школ, включая обучавшихся в регентских и иконописных школах, составляло ок. 4 тыс. чел., а вместе с заочным сектором ок. 6 тыс. К весне 1997 общее число обучающихся в духовных школах Московского Патриархата (не считая Украинской Православной церкви, откуда данные в Учебный комитет не представляются) только по стационару составляло более 3700 человек. Сюда же входят учащиеся регентских, иконописных и катехизаторских школ и отделений. Заочное обучение и экстернат проходят более 2700 священнослужителей и церк. работников.