В 1894 состоялся первый в истории прот. движения России Объединенный съезд петербургских верующих (пашковцев, штундистов, баптистов, братьев-меннонитов, евангельских христиан-захаровцев). В 1898 состоялся съезд в г. Царицыне (Волгоград), на кром было достигнуто соглашение о совместной работе русских баптистов и евангельских христиан для проповеди Евангелия в России. Название «Союз Евангельских христиан-баптистов России» было принято в 1905 на Объединенном съезде баптистов и евангельских христиан в Ростове-на-Дону. После Окт. 1917 создавались новые общины, действовали Библейские курсы в Ленинграде, образовывались сельскохозяйственные христ. коммуны. В 1920 был создан Всемирный Совет евангельских христиан и баптистов. В 1944 был образован Всесоюзный совет Евангельских христиан-баптистов в СССР, куда вошли евангельские христиане и баптисты. В 1945 к ним присоединились церкви пятидесятников, имевшие до этого свой Союз, а в 1963 и Братские меннониты. Союз Евангельских христиан-баптистов в СССР являлся объединением верующих евангельского исповедания всех республик СССР. В нач. 60-х гг. в результате давления со стороны гос-ва и введения законов, ограничивающих деятельность церкви, произошел раскол, в результате к-рого возник Совет Церквей ЕХБ, действовавший практически подпольно. Всесоюзный Совет продолжал свою деятельность в условиях жесткого давления и ограничений. В кон. 80-х гг. из союза вышли христиане веры евангельской (см. Союз Христиан веры евангельской РФ), образовав свой союз, и меннониты, большинство из к-рых выехало в Германию. В 1991 в результате распада СССР и образования самостоятельных республик в этих республиках образовались собственные Союзы ЕХБ. В России был образован Союз Евангельских христиан-баптистов. В состав союза входит ок. тысячи церквей, союз имеет свою богословскую семинарию, Заочный Библейский ин-т и тринадцать Библейских школ, действующих во всех регионах России. Служители союза ведут работу не только в церквах ЕХБ, но и в светских учреждениях, в домах престарелых, детских приютах, местах заключения, больницах.
Союз имеет свою ежемесячную газету «христианское слово», журналы «братский вестник», «Слово веры».
Союз ЕХБ России является членом Всемирного Союза Баптистов и Европейской Баптистской Федерации, имеет обширные международные связи. Президент союза входит в Совет по взаимодействию с религиозными объединениями при Президенте РФ.